然而，事态并非如他所愿。在国资委看来，187家大企业是国有经济的嫡系主力军，如果三九的股权变革得到清晰，其他企业一旦随风效仿，未来局势如何谁也难以预料。从这个角度看，赵新先得手的概率微乎其微。果不其然，就在北京发言的两个月后，5月16日，国资委党委书记李毅中亲赴深圳，突然宣布免去赵新先三九企业集团总经理、党委书记职务。其公开的理由是，国资委管辖的干部60岁必须退休，而赵已经63岁，离职退休是正常的。他同时给予了赵新先很高的评价，称他“四十年如一日，为我国的医药事业，为三九企业集团的发展，做出了突出贡献。”

　　但到了2004年10月，一直深受赵新先重用的三九集团副总裁、年仅43岁的陈重因病猝亡，在清理他的办公室时，发现数额巨大的不明存款；随后，国家审计署介入对三九的审计事宜，集团副总裁荣龙章、三九广州医院院长崔崇林、三九生化总经理张欣戎等相继被双规或通缉，问题都与赵新先有丝缕牵连。

　　根据后来的消息披露，赵新先涉嫌“向境外转移资产”。香港公司注册处提供的资料显示，三九在香港注册了50多家公司，其类别均为“私人公司”，赵新先出任多家公司的董事长，在三九健康城等项目中，有数亿元资金不知去向。郎咸平在研究了三九的财务状况后，总结了赵新先的“捞钱六招鲜”：截、借、垫、套、挪、赖。

　　除了资金上的违法行为外，《财经》杂志则另外给出了一种观察的结果：赵新先被突然宣布退休后，其继任者一直难以开展工作。一方面，三九的各项业务均出现崩塌迹象，用“一地鸡毛”来形容一点不为过。另一方面，面对如此复杂、艰巨的重组工作，赵的一些旧部仍占住“小山头”不放，并且相信赵能再度复出。在此情形下，有关部门果断出手将赵“拿下”，这是“权力斗争”的一种结果。

　　无论如何，原本以为安全着陆的赵新先在退休的两年多后又成焦点人物。

　　2005年11月19日，赵新先被捕，关在深圳梅林看守所，它位于笔架山西南侧的一个很冷僻的山凹里。从这个地方向东走1000多米，再拐一个弯，就是当年赵新先睡过狗棚的地方。

　　从狗棚到囚室，赵新先走了整整20年。