由于一些地方政府和交通部门在发展公路的指导思想上和实施“贷款修路、收费还贷”政策中还存在一些认识偏差，加上相关的管理法规建设滞后，收费公路建设、运营、管理中还存在一些问题。
收费公路规模过大增加了社会运营成本
审计显示，一些地方政府强调要加快公路发展，但财
政投入少，主要依赖银行贷款建设大量收费公路，造成收费公路建设规模过大，超出了自身财力和资源承受能力，增大了偿债风险和资源风险。
收费公路规模过大。至2005年底，这16个省（市）二级以上公路总里程的54％是收费公路。
债务负担偏重。至2005年底，18个省（市）收费公路银行贷款余额高达8000多亿元。
部分收费公路存在偿债风险。除国家主干公路的效益相对较好外，部分地方高速公路等项目的使用效率明显低于预期。
大量土地资源被违规征用或闲置。审计调查浙江等17个省（市）667个收费公路项目，共征用土地272万亩，其中违规审批、未经批准占用、以绿化及服务区建设等名义多征占和闲置土地达96.2万亩，占征用总量的35％。
违规设站收费增加社会负担
一些地方政府和交通部门从自身利益出发，把收费公路作为融资平台，在公路上违规设站、提高收费标准、将政府还贷公路随意转为经营性公路等。一方面，经营企业从地方政府批准的高收费期限和收费标准上获取收益，用来再投资政府指定的其他项目及弥补财政经费等；另一方面，地方政府也从包括公路等各种投资活动、企业经营收益中获得税收收入等。这种做法影响了政策目标的实现和效果，加大了社会负担。
一是对较短期限内能还清贷款并有合理经营收益的收费公路，也批准按规定的最高收费年限30年收费；二是将收费多年、经营效益较好的公路“改头换面”，违规重新批准和计算收费期限；三是将其他项目的债务并入收费公路，人为加大债务规模，违规延长收费期限。
部分收费公路经营权转让不规范
审计调查山东、江苏、浙江等10省（市）106个公路经营权转让项目发现，一是地方政府越权和违规审批经营权转让项目64个，占转让项目数的60％。
二是用银行贷款抵顶转让金。部分地方转让18个项目获取的243亿元资金中，有170亿元是受让方以被转让公路作质押取得银行贷款支付的，占70％。这不仅未达到吸引社会资金参与公路建设的目的，而且让一些单位以极低的风险代价控制了巨额公路国有资产，并从中获取巨额利益。
三是经营权转让程序不合规。一些项目招投标流于形式，不经评估或压低转让价格等对外转让，造成国有资产损失。
四是少数地方领导利用职权违规插手公路经营权转让，一些单位和个人从中牟取私利，造成国有资产流失。
部分收费公路管理问题突出
一些地方政府和交通部门随意扩大通行费减免范围，导致“特权车”、“人情车”问题突出；少数收费公路管理部门机构臃肿，人员收入偏高，通行费收入主要用于人员经费开支。
辽宁、山东、重庆等15省（市）交通部门违规向5.9万辆车发放“免费卡”、“公务卡”、“减缴证”等，造成“特权车”、“人情车”问题严重。仅2003年至2005年，就违规减免一些政府机关、交通系统单位和个人应缴的通行费8.4亿元。
部分收费公路管理部门机构臃肿、世界经理人商业频道[http://biz.icxo.com]人员收入过高问题突出。
财政性资金投入经营性公路形成的国有股权收益及转让公路国有资产取得的转让收益中，有58亿元闲置或被挪用，其中17.9亿元被挪用于建楼堂馆所、投资股票、发放奖金福利和对外投资等。此外，大量依托收费公路产生的服务设施收入、广告收入等不纳入统一核算，转至账外。仅2003年至2005年，就有6.1亿元被转到账外或经济实体，其中0.83亿元用于发放奖金、福利等。世界经理人商业频道[http://biz.icxo.com]
